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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  28 lines
  1. **********************************************************************
  2. * Cytochrome c oxidase subunit II, copper A binding region signature *
  3. **********************************************************************
  4.  
  5. Cytochrome c oxidase (EC 1.9.3.1) [1] is an oligomeric enzymatic complex which
  6. is a component  of  the  respiratory  chain  complex  and is involved   in the
  7. transfer of electrons from cytochrome c to oxygen.   In eukaryotes this enzyme
  8. complex is located in the mitochondrial inner membrane; in aerobic prokaryotes
  9. it is found in the plasma membrane.  Electrons originating in cytochrome c are
  10. transferred via heme a and copper A (Cu(a)) to the binuclear  center formed by
  11. heme a3 copper B (Cu(b)). Subunit II (CO II) of cytochrome c oxidase binds the
  12. Cu(a),  four residues seem  [2]  to be implicated in the  binding of the metal
  13. ion:  two  cysteines and two histidines.  Three  of  these copper  ligands are
  14. clustered in a stretch of nine amino acid  residues.  We use  this region as a
  15. signature pattern for CO II.
  16.  
  17. -Consensus pattern: C-[SA]-x(2)-C-G-x(2)-H
  18.                     [The two C's and the H are copper ligands]
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  20.  for Leishmania tarentolae CO II.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22. -Last update: April 1990 / Pattern and text revised.
  23.  
  24. [ 1] Capaldi R.A., Malatesta F., Darley-Usmar V.M.
  25.      Biochim. Biophys. Acta 726:135-148(1983).
  26. [ 2] Holm L., Saraste M., Wikstrom M.
  27.      EMBO J. 6:2819-2823(1987).
  28.